但令人遗憾的是，《永乐大典》正本下落至今未见片纸只字，今日人们所谈《永乐大典》皆是指嘉靖副本，即明嘉靖年间从头书写的版别。可即便是这副本，已知的也只剩下400余册。 　　自成书以来至近代，作为皇家藏书的《永乐大典》多有散佚。 　　清乾隆间修纂《四库全书》，曾对《大典》作过清点，已缺2000余卷，尚存非常之九，大体完备，故清王朝修《四库全书》《全唐文》等都利用过。 　　清末一段时期，已有翰林院官员贼喊捉贼的情况出现。有人乃至将《永乐大典》偷出卖给洋人。 　　1900年，八国联军侵略北京，《永乐大典》惨遭厄运，大部分被焚毁，幸存少数，亦遭侵略军糟蹋、抢夺。 　　到民国初年，翰林院所藏《永乐大典》残本移送京师图书馆(即国家图书馆前身)时，数量仅有64册。