从万历朝到明亡，经嘉(靖)、隆(庆)、万(历)，盛世而衰的痕迹越加明显。明政府依然进行无穷尽的苛捐杂税，却已无力再进行大规模的兴建了。万历二十五年(1597)三殿又发作了一次火灾，万历四十三年(1615)才初步兴建，直到天启七年(1627)才结束。万历、天启重建的三大殿体量较永乐初建时似偏低，与三台高度有不协调之感，从现存的明初旧构太庙殿与三台的份额一望可知，这或是万历、天启时人力、物力不济所致。巨大木材不易得是其要害，再一个或许是清代康熙初年兴建太和殿，营建成现在的体量，从此更是每况愈下，只能进行小规模的修补了。像首要建筑——琼华岛上的广寒殿，在万历七年倒坍之后，再也无力重建了(现在的白塔是清顺治朝所建)。嘉靖所建的西宫也已荒芜，有的殿堂倒坍后只余房基。又如西宫的大光亮殿和南内的延禧宫烧毁后也再没有重建，乃至南内飞虹桥石栏已坏，虽经补刻也终不及原来之精巧。