1987年瑶山挖掘后，也实行了征地和回填保护。1987垂暮104国道拓展工程中，发现了大观山果园有良渚文明遗存，所以交通部门自动改道。1991年发现汇观山祭坛墓地，也进行了征地保护。1992年莫角山遗址核心区的沙土广场发现后，当地印刷厂搬家。 　　随着考古不断深入，保护的规划也逐渐扩展。1993年浙江文物考古所树立良渚作业站，1996年良渚遗址列入国保单位，初步完成全体保护，划定了33.8平方公里的保护区。2002年初步启动良渚遗址全体保护规划，提出了以莫角山遗址为中心的两山之间为天然地理单元，施行全体保护，得到专家们的认可，所以总规把保护规划调整到42.4平方公里。良渚申遗成功，真实表现了考古与保护的互动。